新疆地区的高等教育资源相对较少，但近年来随着国家西部大开发战略的实施和“一带一路”倡议的推进，新疆地区的高校得到了较快的发展。在新疆，公办的三本大学主要有以下几所：
1.新疆农业大学科学技术学院（现更名为新疆农业大学科技学院）
新疆农业大学科学技术学院是新疆农业大学下属的一所独立学院，以农学、管理学、工学为主的多科性大学。学院依托新疆农业大学的教学资源，注重实践教学，培养了一批适应地方经济社会发展需要的高素质应用型人才。
2.新疆医科大学厚博学院
新疆医科大学厚博学院是新疆医科大学与新疆生产建设兵团共同创办的独立学院，以医学教育为主，涵盖理、工、文、管等多学科协调发展。学院注重培养学生的创新精神和实践能力，为新疆乃至全国医疗卫生事业的发展培养了大批优秀人才。
3.新疆财经大学商务学院
新疆财经大学商务学院是新疆财经大学与新疆生产建设兵团共同创办的独立学院，以经济学、管理学为主，涵盖法、文、理、工等多学科协调发展。学院注重理论与实践相结合，培养了一批具有国际视野和创新精神的高素质应用型人才。
4.新疆工程学院
新疆工程学院是新疆唯一一所专注于工程教育的本科高校，以工为主，涵盖理、经、管、文等多个学科。学院注重学生的实践能力和创新精神的培养，为新疆乃至全国的工业发展培养了大批工程技术人才。
5.新疆艺术学院
新疆艺术学院是新疆唯一一所综合性高等艺术学府，以艺术学为主，涵盖文、史、哲、经、管、法等多个学科。学院注重学生的艺术素养和实践能力的培养，为新疆乃至全国的文化艺术事业发展培养了大批优秀艺术人才。
这些公办三本大学在新疆地区的高等教育体系中占有重要地位，它们不仅为新疆地区培养了大批高素质人才，也为新疆地区的经济社会发展做出了重要贡献。