平行志愿投档录取模式降低了考生填报志愿的风险，但并不是说这种模式没有风险。从目前看，平行志愿仍有一些风险，需要引起考生及家长的重视。
1、正常落榜的风险依然存在。高校择优录取的原则允许院校投档数略大于招生计划数，因此，超过招生计划数的部分所投考生依然面临正常落选的风险。
2、自身缺陷带来的风险。由于平行志愿投档录取模式是采取一次性投出，一轮投档后一律不再补投。考生被投档后，如果考生成绩相对较低、或专业不服从调剂、或不符合特殊专业的体检要求、或不符合某些专业的单科成绩要求，高校就可能将档案退出。而一旦出现退档，考生就无法参加平行志愿中其他几个志愿的检索投档，只有参加征集志愿或下一批次录取。
3、定位不恰当的风险。如考生填报的6个平行志愿都过高，也就是说考生的投档分均未能达到几个平行志愿院校的投档线，考生档案就不可能被投档。再如考生所填报的几个平行志愿之间没有适当的“梯度”，则该考生被投档的机会将会减少，假如A志愿不能投出，而后续平行志愿院校比A志愿院校要求还高，则后面的平行志愿院校都无法投出。