1.价格贵，不论是选择带天窗的车还是自己另外加装天窗，都需要付出更多的金钱，贵的上万，便宜的几千。
2.车身刚性安全系数有所降低，在发生事故的时候，车辆侧面受到撞击和车辆翻滚，考验车身刚性最大的部分就是B柱，而B柱会环形贯穿车身中央地带，车顶天窗部分就在B柱经过的地方，现在有的天窗为了追求大面积和美观性，将B柱车顶纵梁尽量细化，在侧面撞击来临时，或者车身发生翻滚时，车身势必将会更易受挤压而变形。
3.夏天特别晒，夏季太阳较大时，车内人员会比较晒，特别是全景天窗，就算拉上遮阳帘也一定很晒，而且温度很高。
4.易发生异响，许多车型都会出现天窗异响的情况，可能是装配工艺的问题。
5.漏水，这个可能很多人都听说过，也遇到过，没办法，天窗漏水了，开再好的车心情也好不到哪里去，有时候不是直接漏到驾驶室，而是顺着隔层一点点阴湿，看着更难受。
6.高空坠物不安全，如果一辆带天窗的汽车停在楼下，上面掉下一个重物，天窗肯定破碎，车里的人也肯定会受伤，而一辆普通的汽车，掉下重物时，顶多车顶会砸一个坑，车内肯定是安全的。
7、天窗容易藏灰尘，天窗上落尘需要清理，否则影响视线。