不是的。双方存在其他经济纠纷和非法扣押车辆是两个法律关系。现实生活中，个人、公司间因存在经济纠纷扣押他人与纠纷不相关的财物的事情屡有发生。如果得到财物所有者的事后同意的，不是非法扣押。如果并未经过允许，就属于非法扣押。因此在此类案件审理当中，侵权人所提出的双方存在经济纠纷的辩解往往不被认可，侵权人可以另案起诉解决。所以说，双方存在经济纠纷，并不是扣押车辆的合法理由。
注：凡非法扣留人质、车辆、车辆牌照、货物和当事人的有关证件的，由公安机关按照《中华人民共和国治安管理处罚条例》给予处罚。如果是交警非法扣留你的车辆，那么要进行诉讼，求法院判令被告解除非法扣押车辆的具体行政行为，返还车辆。