空调有异味的主要原因是空调具备霉菌生长的三大条件（即温暖、潮湿和营养源），所以，这些顽固杂质停留的时间久了之后，车辆的蒸发箱就会成为细菌和霉菌的生长场所，因此，每次打开空调时，这些细菌和霉菌就会随着空调风进入车厢内，被吸入人体，引起头痛、发热，突发性喉咙痛，扁桃体感染，哮喘，流感症状，皮炎以及伤口难愈合等不良反应，严重的还会使人有晕旋、胸闷等不适感。
汽车开空调后有异通常不是空调系统的问题，而是暖风/冷气系统的风道有异物或者不太干净，比如说，空调系统运转时，空气中的水汽在空调的冷凝蒸发器表面形成冷凝水，其中一部分水在空调关闭后会留在蒸发器和空调管路中，这些水份和空气中的微生物及污染物相结合，在潮湿、温暖和黑暗的空调系统中成为霉菌滋生的温床，或者是因为驾乘者在车内吸烟产生的烟碱，还有就是车内橡胶、塑料及皮革发出的气味以及外界空气中的烟雾、灰尘及废气进入车内，污染空调系统。