电子油门加速器的弊端主要是使车辆操作难度变大、车辆油耗增加和不方便驾驶。
1、车辆操作难度变大：
手动挡的车型在加装电子油门加速器后，油门变的更加灵敏。所以在车辆起步或者换挡时，油离配合就会更难，可能会出现加油不走或者车辆憋死的情况。
2、车辆油耗增加：
由于油门更加敏感，在车辆行驶中或多或少就会使油耗有所增加。但是油耗增大程度并不算特别严重，一般是可以接受的。
3、不方便驾驶：
当汽车加装电子油门加速器后，车辆的驾驶风格就变得更加激进，自动挡车型降挡就会更加积极。在某些道路情况复杂或者雨雪天气下，电子油门加速器激进的风格会不方便驾驶员驾驶，并且还会带来一定的安全隐患。