耕地占用税预缴税款办法一般指《财政部关于耕地占用税实行预征办法的函》，该函要求占地单位或个人在申报用地时，要先向财政部门预交税款，并持财政部门开具的预交税款凭证，到土地部门办理批准用地手续；土地部门批准用地后，财政部门依据实际批准用地数，与纳税人结算税款，实行多退少补。各地对预征的税款，要严格管理，及时办理结算，严禁挪用截留，对于已采取联合办公等办法收税，效果较好的，可继续实行。
目前《财政部关于耕地占用税实行预征办法的函》已经废止，我国国内的耕地占用税严格按照《中华人民共和国耕地占用税法》的规定进行管理。