印花税应税合同的计税依据是合同所列的金额，不包括列明的增值税税款。根据《中华人民共和国印花税法》第六条规定，应税合同、产权转移书据未列明金额的，印花税的计税依据按照实际结算的金额确定。计税依据按照前款规定仍不能确定的，按照书立合同、产权转移书据时的市场价格确定；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，按照国家有关规定确定。
除了上述计税依据，印花税的计税依据还包括：应税产权转移书据的计税依据，为产权转移书据所列的金额，不包括列明的增值税税款；应税营业账簿的计税依据，为账簿记载的实收资本（股本）、资本公积合计金额；证券交易的计税依据，为成交金额。