发票联和抵扣联区别在于：
1、两者的定义不同
发票联是作为购买方企业核算物料采购成本和增值税进项税额的记账凭证（原始凭证），与付款凭单和内部入库单等作为企业财务入账的依据；抵扣联是企业按照税法的规定在支付了上一道环节的增值税后，在本单位或企业生产阶段可以抵扣的原始凭证。
2、两者的用途不同的
发票联是企业核算采购成本和增值税进项税的入账依据；抵扣联是购买方到税务机关办理增值税进项税认证和留存备查的原始凭证。当企业定期向当地税务机关进行增值税纳税申报，并计算应缴纳增值税时，若不具备抵扣联是不可以实施进项税额的抵扣操作。